Efter storbranden 1827 gjorde arkitekt C. L. Engel upp en ny stadsplan för Åbo. Den nya stadsplanen innebar en rivningsdom för det tätt bebyggda trähusområdet. Under början av 1900-talet började staden lösa in tomterna. De äldsta delarna av Klosterbacken hade redan fått ge vika för Sirkkalagatan. Samtidigt började Klosterbacksfrågan diskuteras: Vilket var områdets värde som minne av stadsmiljön och livet i staden under tiden före Åbo brand?

Debatten om Klosterbackens öde pågick i tiotals år. Man tog ställning både för och emot, och till slut fattade man ett beslut år 1927: tio av Klosterbackens gårdar skulle bevaras och dessa skulle inredas med ett friluftsmuseum, som skulle visa hantverksyrken och hem från olika tider. Hantverksmuseet på Klosterbacken öppnade den 29 juni 1940, och sex år senare införlivades resten av byggnadsbeståndet i museiområdet.

Byggnaderna och deras interiörer hade då utseenden som återspeglade 1930-talsstilen. I enlighet med tidens museiprinciper ville man återställa gårdarna i en ursprunglig stil, som motsvarade tiden då Klosterbacken bebyggdes. Detta krävde omfattande reparations- och restaurationsarbeten, och man skalade av de modernare lagren och återställde de ursprungliga formerna. 

Det Gyllene Äpplets Gille

När museets verkstäder inreddes konsulterade man gamla hantverksmästare, som även donerade verktyg och till och med hela verkstäder till museet. Verkstäderna är i användning, och varje sommar arbetar hantverkare inom olika gebit på museet. Det Gyllene Äpplets Gille är en viktigt volontärorganisation, som grundades som ett smarbetsorgan mellan hantverkarna och museet. Föreningen fick sitt namn efter ett internationellt turismpris, som tilldelades Hantverksmuseet på Klosterbacken år 1984. Olika hantverkaryrken finns representerade i Gillet, och mer eller mindre bortglömda hantverkskunskaper finns fortfarande bland Gillets medlemmar. Det Gyllene Äpplets Gille samlas årligen för de traditionella hantverkardagarna, som ordnas på museet under sensommaren.